首个城市微生物群和抗菌素耐药性的全球宏基因组图谱问世

美国威尔康奈尔医学院Christopher E. Mason等研究人员合作绘制出首个城市微生物群和抗菌素耐药性的全球宏基因组图谱。相关论文于2021年5月26日在线发表在《细胞》杂志上。

研究人员报道了3年多以来60个城市大众运输系统4,728个宏基因组学样本的全球图谱，这是城市微生物生态系统的第一个系统的、全球性的目录。该图谱提供了带注释的、地理空间分布的微生物菌株、功能特征、抗微生物抗药性（AMR）标记和遗传元件，包括在参考数据库中找不到的10928病毒、1302细菌、2古细菌和838532 CRISPR阵列。

研究人员确定了4,246种已知的城市微生物，并在97％的样品中发现了与31种一致的物种，这些样品与人类共生生物不同。在城市之间，AMR基因的概况在类型和密度上差异很大。城市显示出受气候和地理差异驱动的独特微生物分类特征。这些结果构成了高分辨率的全球宏基因组图谱，可实现生物和基因的发现，强调潜在的公共卫生和法医学应用，并提供与文化无关的城市AMR负担视图。