新分析工具scfind利于快速检索大量单细胞数据集

英国维康桑格研究所Martin Hemberg课题组开发出快速检索大量单细胞数据集合的scfind程序。该项研究成果发表在2021年.3月1日出版的《自然-方法学》上。

为了快速和直观地查询单细胞数据，研究人员开发了scfind，这是一种单细胞分析工具，可帮助快速搜索细胞图谱中与生物学或临床相关的标记基因。使用六个小鼠的细胞转录组图谱数据，研究人员展示了scfind如何用于评估标记基因、进行计算机门控以及鉴定细胞类型特异性基因和管家基因。

此外，研究人员还研发了一个子查询优化例程，以确保冗长而复杂的查询可产生有意义的结果。为了使scfind更加便于用户使用，研究人员使用PubMed摘要索引和自然语言处理技术方便任意查询。最后，研究展示了如何通过将单细胞ATAC-seq数据与转录组数据相结合，将scfind用于多组学分析的范例。

据介绍，单细胞技术使分析数百万个细胞成为可能，但要使这些资源必须有易于查询和检索的方法。